وتضم المكتبة ما يقارب 54 مخطوطة أصلية محفوظة ضمن مجموعات علمية، موزعة على أكثر من 7918 ورقة، وتشمل مجموعة نفيسة من المخطوطات المتعلقة بعلوم القرآن، تُقدر بنحو 123 مخطوطة في مجالات التفسير والقراءات وعلومهما.
مخطوطات نادرة
وتعود فترة نسخ هذه المخطوطات إلى ما بين القرنين الثامن والثالث عشر الهجري، من بينها نسخة نادرة لكتاب معالم التنزيل في التفسير للإمام البغوي، يعود تاريخ نسخها إلى عام 733هـ، وتُعد من أقدم المخطوطات المحفوظة.
وبادر المجمع بتوثيق معلومات هذه المخطوطات ضمن دليل متخصص صدر في 5 مجلدات تحت عنوان “فهرس مخطوطات التفسير وعلوم القرآن الكريم في مكتبات المدينة المنورة”.

تنوع الحجم وعدد الصفحات
وتتنوع هذه المخطوطات من حيث الحجم وعدد الصفحات، إذ تبلغ أصغرها نصف ورقة فقط، كما في 3 مخطوطات مغربية تعود إلى القرن الثاني عشر الهجري، فيما تصل أكبرها إلى 611 ورقة لمخطوطة فتح المنان المروي بمورد الضمان لابن عاشر.
كما تنوعت خطوط هذه المخطوطات بين الخط المغربي، والنسخي، والنسخي المعتاد، والنسخي الحسن، والنسخي الجميل، والنسخي الجميل جدًا، ما يعكس تعدد المدارس الخطية والثقافية في تلك الحقبة.
وتأتي هذه الجهود الحثيثة من توجيهات معالي وزير الشؤون الإسلامية والدعوة والإرشاد المشرف العام على المجمع الشيخ د. عبداللطيف بن عبدالعزيز آل الشيخ في حفظ هذا الإرث العلمي وما تحتويه المكتبة من مخطوطات وكتب قديمة.