تعرض مشروع الجزيرة الزراعي في وسط السودان لدمار واسع بسبب الحرب، وللمرة الأولى تتوقف الأعمال الفلاحية في المشروع منذ تأسيسه قبل قرن من الزمن.
تأثيرات الحرب في مشروع الجزيرة شملت معظم وحداته الفنية، بما فيها ورشات تصنيع قطع الغيار لآليات المشروع ومخازن أسمدة وبذور، فضلا عن قنوات الري والترع.