دمرت الحرب في السودان عشرات المستشفيات الحكومية والخاصة، وبحسب وزارة الصحة بولاية الخرطوم فإن 29 مستشفىً حكومياً، و45 مستشفىً خاصا، خرجت عن الخدمة بسبب الحرب.
وإن بعض المستشفيات والمرافق الصحية التي سلمت من الدمار لم تسلم من نهب معداتها وأجهزتها الطبية.